שלמה זלמן שוקן נולד בשנת 1877 בפרוסיה, בעיירה מרגונין. עוד בילדותו תפסו ספרים מקום חשוב בחייו. לאחר שנאלץ להפסיק את לימודיו בגיל ארבע-עשרה כדי ללמוד מלאכה, הספרים שימשו אמצעי ודרך בהם חינך את עצמו. הוא רכש ספרים בלי הרף ובנה אוסף חשוב של ספרות ומחשבה גרמנית. בשנת 1907, בהיותו בן שלושים, הכיר לראשונה את סיפורי ר’ נחמן מברסלב בתרגומו של מרטין בובר.

היכרות זו גרמה למפנה בחייו היהודיים, כפי שכתב שנים לאחר מכן לבובר: “מאז נהייתי שוב יהודי של ממש”. לצד האוסף הגרמני החל לרכוש גם ספרים ביודאיקה והבראיקה שהיוו את ראשית אוסף הספרים העבריים שלו, שהיה המקיף והחשוב באוספים הפרטיים במדעי היהדות במאה העשרים.

בשנת 1934, לאחר עליית הנאצים לשלטון בגרמניה, עלה שוקן לירושלים. עם עלייתו פנה אל האדריכל הנודע אריך מנדלסון (עמו עבד בעבר על עיצוב כמה מבתי המסחר שלו בגרמניה) שיתכנן עבורו את ביתו שבירושלים, וילה שוקן, ובסמוך גם את ספריית שוקן, לשכן בה את אוסף הספרים ואת מכון המחקר שהקים עוד בברלין: המכון לחקר השירה העברית. שני המבנים היוו דוגמאות יוצאות דופן בנוף הירושלמי. מנדלסון עיצב את המבנים בקווים מודרניים, ותכנן ועיצב גם פריטים רבים בתוך המבנה, ביניהם ארונות הספרים, שולחנות התצוגה, מתלי המעילים והמטריות, מנורות ועוד.